Der Gärtner von Samarkand ist ein episches Fantasy-Werk in einer mythischen Vergangenheit. Im Mittelpunkt steht der junge Gärtnerlehrling Thamaz, der mit seinem Onkel Bandak in einem paradiesischen Garten inmitten einer Steinödnis lebt. Seine friedliche Welt gerät aus den Fugen, als er den turanischen Prinzen Ulug trifft, der vor den Häschern seines Onkels im Garten Zuflucht sucht. Als Krieger das Refugium stürmen, verhilft Thamaz Ulug zur Flucht, während Bandak gefoltert wird. Bandak offenbart ihm sterbend, dass er nicht Thamaz' leiblicher Onkel ist, und übergibt ihm als Erbe seines Vaters das Zauberschwert Fayamir und eine Schwanenfeder, die im Geheimfach einer Truhe versteckt worden waren.
Gemeinsam fliehen die Jungen durch einen Bewässerungstunnel in die Berge. Dort werden sie Zeugen eines Streits zwischen dem Kriegsgott Vahram und dem Schmied Kawas. Ein plötzlich auftauchender rätselhafter Wandermusikant – Sordyan – erklärt ihnen die Situation und bietet ihnen an, sie durch die Berge auf verborgenen Pfaden an ihr Ziel zu führen: Sie hatten nämlich beschlossen, Ulugs Mutter aufzusuchen, die sich zum Sommerlager des Großkhans aufgemacht hatte, um dort Hilfe gegen Ulugs Onkel zu suchen. Ulug findet noch am Kampfplatz eine verlorene magische Rabenfeder des Kriegsgottes, dann ziehen sie los.
In einer Karawanserei wird Thamaz jedoch von einem „Drachenbund“ entführt. Dessen Anführer Tarlik entpuppt sich als Thamaz' Vetter; er enthüllt, dass Thamaz' Vater der rechtmäßige Fürst Arustam von Kesch war. Der Bund behält das Schwert Fayamir, um damit weitere legendäre Artefakte zu suchen. Thamaz schließt sich ihnen an, um sein Erbe wiederzubekommen, leidet jedoch bald unter den grausamen Überfällen des Bundes gegen die eigene Bevölkerung.
Schließlich greift die Wassergöttin Anahita ein. Sie offenbart Thamaz, dass sein Vater einst von Kawas Fayamir erhielt, dessen Besitz den Zugang zur Mythenwelt ermöglicht. Gleichzeitig besteht durch das Schwert die Gefahr, dass durch dessen Macht, alle Zauberbanne zu lösen, der Urweltdrache Azhi Dahaka aus seinem Gefängnis im Berg Dewabor befreit werden könnte. Denn ein kosmischer Konflikt droht: Der Kriegsgott Vahram wehrt sich gegen ein bevorstehendes neues Zeitalter, in dem er bedeutungslos werden würde. Gemeinsam mit dem unsterblichen, von der Drachenmacht besessenen Zauberer Zahak will er daher Azhi Dahaka freisetzen, was die Welt vernichten würde.
Thamaz Vater wurde durch die Manipulationen von Zahak aus seiner Stadt vertrieben, als er zögerte, das von ihm erlangte Zauberschwert einzusetzen. Er ahnte unbewusst, dass in Wirklichkeit der Zauberer den Geheimbund der Drachenkrieger initiierte und ein ganz anderes Ziel als er selbst damit verfolgt: nämlich die Befreiung des Drachens. Sein eigener Bruder, Thamaz’ Onkel, war bei seiner Vertreibung das Werkzeug Zahaks; dessen Sohn Tarlik, der jetzige Anführer des Drachenbundes, weiß nichts davon, aber er verweigert aus Rivalitätsgründen Thamaz das Schwert, will es selbst in den Dewabor bringen, um die Artefakten dort aufzuspüren, wie prophezeit.
Um nun Zahak aufzuhalten, reisen Anahita und Thamaz mithilfe eines „Rades der Zeit“ in die Vergangenheit einer versunkenen Stadt, um ein drachengebietendes Amulett zu bergen. Thamaz dringt in Zahaks Festung ein und erlöst den alternden Zauberer mit Hilfe des aufgefundenen Drachenamuletts, dessen Körper zu Staub zerfällt.
Unterdessen steigen Ulug und Sordyan in ein Höhlensystem im Dewabor ein, um den Drachenbund daran zu hindern, die Barrieren des Drachengefängnisses unwissentlich aufzulösen. Sordyan vertreibt die Krieger mit furchterregenden Illusionen, doch Tarlik, im Besitz des Schwertes, das alle Illusionen durchdringt, widersteht. Im Zweikampf gegen Tarlik gerät Ulug in Bedrängnis und opfert seine Rabenfeder, um Vahram herbeizurufen. Der Gott nimmt das Opfer an, entzieht Tarlik das Schwert und verschmilzt es mit seinem eigenen Götterschwert zu einer vollkommenen Waffe, wodurch auch er eine Verwandlung erfährt und seinen Frieden findet.
Im Finale reisen die Freunde zum Winterlager des Großkhans der Turaner. Um Ulugs dort inzwischen gefangene Mutter Aysun aufzuspüren, bringt Thamaz das Opfer, seine Schwanenfeder rituell auf Ulug übertragen zu lassen. Mithilfe der Feder befreit Ulug seine Mutter. Vor dem Kriegerrat wird der Verrat an ihr aufgedeckt, und der Khan sichert Aysun Unterstützung bei der Rückeroberung ihres Reiches zu. Sordyan verabschiedet sich, um in seiner Heimat zur Sage zu werden, wie er sagt. Thamaz kehrt in seinen Garten zurück, innerlich gereift und entschlossen, eines Tages dem Schicksal seiner Eltern nachzuforschen.